与委员会选举的波澜不惊相比，团队内部机构调整方案则要丰富得多，其内容涉及了旧部门的裁撤以及新部门的建立。

其中，商贸部一如大家所预料的那样被大幅缩减，此前被委派担任各府知府的成员均脱离与商贸部的隶属关系，转隶其他部门。今后，商贸部将只有部门负责人兼对内贸易司主管范吾成、对外（海外）贸易司主管贾润安、对内贸易司副主管朱晓媛和刘婕四名成员。

虽然商贸部被缩编令范吾成心中有些郁闷，但与其他几个部门比起来，他的遭遇还算好的。因为根据调整方案，此前由于林小雨的离开早已名存实亡的医务室以及职能可以由节度府相关官员替代的对外交流部被正式撤消。而原来的物资管理部、档案室等部门虽然没有被彻底取消，却无一例外的被降了级，全都由原来的部级职能部门变成了其他职能部门的组成部分。

物资管理部和档案室被编入了新成立的后勤部，成为了其下属的相关专业司。由尤远任后勤部部门负责人兼特殊物资管理司和民用物资管理司主管，胡雪莹任档案管理司主管。而此前由物资管理部负责的军用物资管理工作，则全面转交军事部直接管理。

对外交流部则被编入了新成立的政务部，成为了其下属的对外交流司。除了对外交流司外，政务部还下辖负责的行政司。其中，张维信任政务部部门负责人兼对外交流司主管，赵大伟任行政司主管，除他二人之外的北平军各府知府均为政务部成员，共同参与政务部各项政策的制定与实施。

在裁撤、缩编部分职能部门的同时，此次全体大会还批准建立了新的职能部门——政务部。政务部是因应北平军六府的建立而新增加的一个职能部门，其职责主要是负责北平军日常行政管理，协助委员会制定北平军各项行政政策。

与上述几个部门大规模的改组和新建相比，科技部、情报部、军事部以及保卫部的变化则要小一些。科技部、军事部和情报部是几个部门中改动最小的，其成员没有任何变化，只是将原来部门所属各科室统一升格成了司，而各司主管依然由原来各科室主管担任。而和保卫部的改动较科技部要大一些，其职责在原来只负责穿越众个人的贴身警卫以及穿越团队各主要生活区、工作区、生产区等区域的安全保卫的基础上，增加了对各州县新成立的警察部队和城管部队的管理职能。

说到新成立的警察和城管，就不能不提到在贾润安出海的这半年时间里，已经基本完成新一轮的扩军，实力得到快速增长的“飞龙军”陆军以及“保安军”。

其中，“飞龙军”陆军自原来“保安军”的十个团中精选出了一万五千余人，将其中的一小部分编入原有各团，补充因幽云之战造成的战斗及非战斗减员，其余大部分人马则在一部分从原有各团抽调来的骨干军官和士官的组织下，建立起了新的战斗团队。经过整合后的“飞龙军”陆军最终形成了由两个合成步兵师（每个师包括三个步兵团、一个骑兵团、一个炮兵团、一个后勤辎重团，共一万两千人）、一个独立骑兵团、一个独立炮兵团、一个加强“游骑兵营”，以及一个加强“狼牙营”组成的总兵力达三万余人、装备有近代化热兵器的作战力量。而且，得益于科技部及所属生产基地据有技师、工匠、工人的忘我工作，当显德七年阴历二月初“飞龙军”新兵完成基础训练，正式成为“飞龙军”的一员后，都拿到了属于自己的崭新武器。

与“飞龙军”相比，“保安军”的扩编完成得则要缓慢一些。因为与“飞龙军”扩编兵源来自“保安军”老兵不同，“保安军”扩编的兵源均来自北平军的普通百姓。要想将这些入伍前只会种地、打工、做买卖的普通百姓训练成具备一定的军事素养、拥有一定作战能力的士兵，远比让已经完成由民到兵转换，只需要熟悉火器使用的“保安军”升级成“飞龙军”要困难得多。尽管根据军事部和保卫部的计划，此番将“保安军”扩编到三十个团后，其中只有十五个团是以正规军形式存在的常备团，另外十五个团除了那些作为各团骨干的军官与士官按正规军标准进行要求、成为真正的职业军人，其余士兵皆采取寓兵二民的理念，以类似前世民兵、预备役的形式存在。但最初的基础训练对于常备军或者民兵、预备役新兵要求都是相同的，两者之间并不会分开进行——之所以会如此安排，主要是考虑到养兵成本的问题，毕竟现阶段对于穿越团队来说外部环境相对比较稳定，没必要维持一支十万余人人，已然超过北平军承载能力的军队，而寓兵于民乃是一个解决兵源不足与冗兵较多这两个弊端很有效的办法。。

一般来说，一名新兵是进常备军还是成为民兵、预备役，其分水岭是在新兵训练结束之后，根据兵士们的个人能力与素质进行挑选。那些素质好、能力强的会被编入“保安军”常备团，与“飞龙军”各部一起，负责驻守北平城、其他五个府的治所所在地，以及像山海关、居庸关、古北口、龙门等战略要点。而那些素质略差、能力稍弱的则转而编入民兵、预备役，平时或种地、或做工、或做生意，与普通百姓无异，只有到了战时才会拿出起刀枪，与那些常备军一起参加战斗。当然，为了保持这些民兵、预备役人员的战斗素养，他们在非农闲时每三个月都要在自己所属州县民兵、预备役训练营中进行为期十天的军事训练，而在农闲时则要接受三个月左右、在自己所属府的军训基地——通常是在该府常备军驻扎地——进行的集中军事训练。

正是面对即便完成新一轮的扩军计划，一时也难以解决穿越团队麾下兵力不足、除部分重点城市和关键节点外，其他州县几乎无兵可守的情况。为此，军事部和保卫部将目光盯在了北平军各州县原有守军的身上。在对这些守军进行必要的考核、审查、优胜劣汰后，其中成绩合格的，一部分改编为负责城内城外治安维持、案件侦破、要地保卫工作的警察部队，一部分改编为负责城门把守、城墙巡视、协助警察部队维持城内城外秩序、打击匪盗的城管部队。至于那些成绩不合格的，则在发给一定抚恤金后直接予以遣散，让他们或回家务农、或进城打工、或做个小生意。

随着警察与城管部队的建立，穿越团队对北平军十六州各州县原守军的整编、核实工作也就圆满结束了。自此，北平军十六州的所有武装力量和强力部门全部掌握在穿越团队手中。